TOC

Как настроить R в Ubuntu 14.04

Вступление

R - это популярный язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических вычислениях и графике. Он широко используется статистиками для разработки статистического программного обеспечения и анализа данных. Одним из преимуществ R является то, что он легко и просто расширяется, позволяя пользователям создавать и отправлять свои собственные пакеты. Сообщество R, как известно, очень активно и известно тем, что постоянно добавляет генерируемые пользователями статистические пакеты для конкретных областей исследования, что делает R применимым во многих областях исследования.

«Комплексная R Архивная Сеть» (CRAN) представляет собой набор сайтов (называемых mirrors), которые содержат идентичный материал, состоящий из множества пакетов R и самих дистрибутивов R. Вы можете скачать R и множество пакетов R с любого из CRAN зеркал, но мы будем использовать RStudio зеркало.

В этом руководстве мы узнаем, как настроить R на устройстве DigitalOcean Droplet под управлением Ubuntu 14.04. Если ваша Droplet работает под управлением другой операционной системы, большинство инструкций будет по-прежнему применяться, но вам может потребоваться изменить некоторые из команд. Следование этому руководству до завершения должно занять около 10-15 минут.

Предпосылки

Для этого урока вам понадобятся:

  • Капля Ubuntu 14.04 с минимум 1 ГБ ОЗУ. Все команды в этом руководстве должны выполняться от имени пользователя без полномочий root. Если для этой команды требуется root-доступ, ему будет предшествовать + sudo +. Initial Server Setup с Ubuntu 14.04 объясняет, как добавлять пользователей и предоставлять им доступ sudo.

Шаг 1 - Настройка APT

Чтобы установить R, мы собираемся использовать инструмент APT (Advanced Packaging Tool). Он использует специальный файл, в котором перечислены источники, откуда следует загружать пакеты. Это файл + / etc / apt / sources.list +. Чтобы получить самую последнюю версию R, нам нужно добавить правильный repository в список источников, добавив строку в исходный файл. Точная строка, которую вам нужно добавить, зависит от конкретной версии Ubuntu. Для Ubuntu 14.04 выполните следующую команду, чтобы добавить правильный репозиторий в + / etc / apt / sources.list +.

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Если вы используете другую версию Ubuntu, обратитесь к this document, чтобы найти правильный репозиторий для добавления.

Для аутентификации пакетов, загруженных с помощью APT, мы должны добавить открытый ключ. Архивы Ubuntu в CRAN подписаны ключом с идентификатором E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9. Добавьте этот ключ в вашу систему.

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Далее нам нужно добавить ключ к + apt +.

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

Шаг 2 - Установка R

Теперь, когда APT настроен правильно, мы готовы использовать его для установки R.

Во-первых, нам нужно обновить список доступных пакетов, так как мы обновили список источников.

sudo apt-get update

Теперь мы можем установить R. Мы используем флаг + -y + для автоматического ответа * Да * на вопрос, уверены ли мы, что хотим загрузить пакет.

sudo apt-get -y install r-base

На этом этапе у вас должна быть установлена ​​последняя версия R на вашем Droplet. Вы можете проверить это, запустив команду + R +.

R

Вы должны увидеть вывод, похожий на следующий.

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

 Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Теперь вы находитесь в интерактивной оболочке R и можете запускать произвольные команды R.

Выйдите из R и вернитесь к своей капле с помощью функции + q () +:

q(save = "no")

Шаг 3 - Установка пакетов R из CRAN

Теперь, когда R установлен на вашей Droplet, любой пользователь на Droplet может использовать R. Когда R установлен, он автоматически устанавливает несколько пакетов по умолчанию, но для того, чтобы сделать что-то действительно значимое в R, вам, вероятно, потребуется установить дополнительные пакеты. Для установки множества пакетов важно иметь как минимум 1 ГБ оперативной памяти.

Как упоминалось ранее, CRAN содержит не только сам R, но и множество R-пакетов. Чтобы установить новые пакеты R, размещенные на CRAN, или обновить существующие, вы используете функцию + install.packages () + в R. Если вы хотите установить пакет, вы должны открыть R и запустить следующую команду R.

# This is an example, do not run this
install.packages("")

Однако любой пакет, установленный конкретным пользователем в R, будет доступен только этому пользователю по умолчанию. Например, если пользователь * sammy * устанавливает, то пользователь * jessie * не сможет использовать, пока не установит его.

Пакет R можно установить таким образом, чтобы он был доступен всем пользователям в Droplet, установив его как * root *. В качестве примера давайте установим пакет http://shiny.rstudio.com/ [+ глянцевый +], который является очень популярным пакетом, используемым для создания веб-приложений из кода R. Один из способов установить пакет как * root * - войти в систему как * root *, запустить R и выполнить команду + install.packages () +. Однако рекомендуется не входить в систему как * root *, поэтому вместо этого мы можем просто запустить команду R от имени * root *. Мы также укажем параметр + repos +, чтобы пакет загружался из репозитория RStudio CRAN, который мы использовали при загрузке самого R.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Устанавливая пакет таким способом, а не открывая R и запуская команду + install.packages () +, пакет + fantastic + становится доступным для всех пользователей Droplet.

Давайте проверим, что + глянцевый + был установлен правильно, попытавшись загрузить его. Начните R сессию.

R

В R попробуйте загрузить пакет + глянцевый +.

library(shiny)

Выполнение предыдущей команды не должно привести к ошибкам. Теперь выйдите из R.

q(save = "no")

Шаг 4 - Установка пакета + devtools +

Хотя многие R-пакеты размещены в CRAN и могут быть установлены с помощью встроенной функции + install.packages () +, есть еще много пакетов, которые размещены на GitHub, но не на КРАН. Чтобы установить R-пакеты из GitHub, нам нужно использовать пакет + devtools + R, поэтому давайте установим его.

Пакет + devtools + R 'требует, чтобы на Droplet были установлены три системных пакета, а именно + libcurl4-gnutls-dev +, + libxml2-dev + и + libssl-devc +. Установите эти три пакета:

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Теперь пакет + devtools + R может быть установлен. Помните, что мы хотим установить его, используя тот же метод, который описан выше, а не устанавливать его в сеансе R, поскольку + devtools + должен быть доступен для всех пользователей.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Приведенная выше команда для установки + devtools + может занять несколько минут.

Шаг 5 - Установка пакетов R из GitHub

Теперь, когда у нас установлен + devtools +, мы можем установить любой пакет R, который находится на GitHub, используя функцию + install_github () +. Как и в случае с пакетами CRAN, при установке пакетов GitHub необходимо выполнить команду из системной оболочки, чтобы сделать пакет доступным для всех пользователей. Давайте попробуем установить пакет GitHub https://github.com/daattali/shinyjs [+ smoothjs +], который добавляет функциональность в пакет + + . Пакет GitHub определяется его автором (` daattali `) и его именем (` smoothjs +`).

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Давайте проверим, что +inyjs + был установлен правильно, попытавшись загрузить его. Начните R сессию.

R

В R попробуйте загрузить пакет + smoothjs +.

library(shinyjs)

Выполнение предыдущей команды может привести к некоторым сообщениям, но без сообщений об ошибках. Теперь выйдите из R.

q(save = "no")

Следующие шаги

Теперь у вас есть работающая установка R на вашем Droplet.

Чтобы узнать больше о R, посетите the официальный веб-сайт R, или попробуйте изучить R на практике и в интерактивном режиме with + swirl + пакет.

Для получения дополнительной информации о CRAN и его предложениях, посетите the официальный сайт CRAN.

Для более удобного написания кода R на вашей Droplet вы можете установить сервер RStudio с помощью https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu- облачный сервер [этот урок].

Если вы хотите разместить какой-либо код Shiny на своей капле, вы можете установить сервер Shiny, используя https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-shiny-server-on. -ubuntu-14-04 [это руководство].

Заключение

В этом руководстве мы рассмотрели шаги, необходимые для настройки R на капле Ubuntu 14.04. Мы также узнали о разнице между установкой пакетов R из GitHub против CRAN и о том, как сделать эти пакеты доступными для всех пользователей в Droplet.

Related