TOC

Как установить пакеты R с помощью devtools в Ubuntu 18.04

Вступление

Популярный язык программирования с открытым исходным кодом, R специализируется на статистических вычислениях и графике. Он широко используется для разработки статистического программного обеспечения и анализа данных. Сообщество R известно постоянным добавлением пользовательских пакетов для конкретных областей исследования, что делает его применимым ко многим областям.

В этом руководстве мы рассмотрим, как установить devtools и использовать его для установки пакета R непосредственно из GitHub.

Предпосылки

Чтобы следовать этому руководству, вам понадобится сервер Ubuntu 18.04 с:

Как только эти предварительные условия созданы, вы готовы начать.

Шаг 1 - Установка системных зависимостей для devtools

Мы будем устанавливать devtools из интерактивной оболочки, но прежде чем сделать это, нам нужно установить следующие системные зависимости:

sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

С этими зависимостями мы готовы продолжить.

Шаг 2 - Установка пакета devtools

Благодаря devtools мы сможем устанавливать и собирать пакеты непосредственно из GitHub, BitBucket, локальных файлов и устанавливать конкретные версии из CRAN. Чтобы сделать devtools доступными для всей системы, мы введем оболочку R от имени root:

sudo -i R

Внутри монитора мы будем использовать функцию + install.packages () + для установки + devtools + из официальной Comprehensive R Archive Network (CRAN) ,

install.packages('devtools')

Установка может занять некоторое время. Когда он закончится, ближе к концу вывода установки мы должны увидеть:

Output...
** testing if installed package can be loaded
* DONE (devtools)

Далее, мы протестируем его и получим проект прямо из GitHub.

Шаг 3 - Установка пакета R из GitHub

На этом шаге мы собираемся установить последнюю сборочную версию Shiny, фреймворка веб-приложений для R, непосредственно из GitHub. Мы сделаем это с помощью функции + install_github +, предоставляемой devtools. Пакет GitHub определяется его автором (+ rstudio +) и его именем (+ блестящий +), который можно найти по URL-адресу GitHub главной страницы проекта: + https: // github.com / +.

Используйте следующую команду для установки:

devtools::install_github('rstudio/shiny')

Установка успешно завершена, когда мы видим следующие строки в конце вывода и возвращаемся в приглашение R:

Output. . .
** testing if installed package can be loaded
* DONE (shiny)
>

Мы можем увидеть конкретную версию Shiny, которую мы установили с помощью следующей команды:

packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0.9000’

На следующем шаге мы кратко рассмотрим Shiny. Сначала нам нужно выполнить несколько задач системного уровня, поэтому мы выйдем из монитора с помощью следующей команды или с помощью CTRL-D:

q()

Любой из них предложит вам сохранить образ рабочего пространства, рабочую среду R, которая включает в себя определенные пользователем объекты. Это не нужно для наших целей, поэтому вы можете безопасно вводить + n +.

Поскольку мы будем использовать веб-браузер, чтобы посмотреть на пример того, что может сделать Shiny, мы позаботимся о том, чтобы веб-трафик был разрешен.

Проверьте брандмауэр

Shiny - это фреймворк для веб-приложений, поэтому для просмотра его примеров в браузере нам необходимо убедиться, что веб-трафик разрешен на нашем брандмауэре. Встроенный веб-сервер случайным образом выбирает порт при каждом запуске, если только мы не инициируем его с определенным значением. Чтобы упростить управление брандмауэром, мы укажем порт 4040 при запуске нашего примера.

Давайте проверим состояние брандмауэра, если он у нас включен:

sudo ufw status

Если вы следовали нашим обязательным учебным пособиям, разрешен только SSH, как указано в следующих выходных данных:

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)

У вас могут быть другие правила или вообще нет правил брандмауэра. Поскольку в этом случае разрешен только трафик SSH, мы добавим порт 4040 и проверим состояние, когда закончим.

sudo ufw allow 4040/tcp
sudo ufw status
OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
4040/tcp                   ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)
4040/tcp (v6)              ALLOW       Anywhere (v6)

С настроенным брандмауэром мы готовы взглянуть на Shiny.

Run Shiny:

Мы подключимся к R, на этот раз как обычный пользователь. Обязательно наберите + R + в качестве регистра.

R

Далее мы загрузим пакет Shiny:

library("shiny")

Блестящий включает в себя одиннадцать встроенных примеров, которые демонстрируют, как это работает. Мы загрузим библиотеку, а затем запустим первый пример. Поскольку мы работаем на удаленном сервере, мы будем указывать адрес хоста для просмотра с нашего локального компьютера. Мы также установим + launch.browser + в + FALSE +, чтобы он не пытался запустить браузер на удаленном сервере.

runExample("01_hello", host = "", port = 4040, launch.browser= FALSE)
OutputListening on http://:4040

Давайте посетим этот URL в веб-браузере:

изображение: http: //assets.digitalocean.com/articles/R-1604/r-shiny-1804.png [Снимок экрана примера Shiny’s 01-Hello]

Мы установили Shiny для иллюстрации использования devtools для установки непосредственно из репозитория GitHub. Затем мы запустили пример приложения Shiny без повышенных прав, чтобы убедиться, что все пользователи имеют доступ к пакету.

Переустановка стабильной версии Shiny

В производственной ситуации мы будем устанавливать из CRAN, если у нас не было веской причины для установки из репозитория.

Давайте вернемся к стабильному пакету. Сначала мы прервем сервер с помощью + CTRL + + + C +, затем выйдем из оболочки R с помощью + CTRL + + + D + и повторно введем его как root:

sudo -i R

Мы можем установить стабильную версию с помощью следующей команды, которая перезапишет установку из GitHub, которую мы завершили на предыдущем шаге.

install.packages("shiny")

Давайте проверим изменение в версии:

packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0’

Вывод показывает, что вместо + 1.1.0.9000 +, версии, которую мы установили с GitHub, мы сейчас работаем со стабильной версией.

Заключение

В этом руководстве мы установили последний пакет Shiny непосредственно из GitHub и узнали, как переустановить его стабильный выпуск из CRAN.

Если вы заинтересованы в получении дополнительной информации о самой Shiny, вы можете взглянуть на Shiny tutorial RStudio. Вас также может заинтересовать ininstall сервер с открытым исходным кодом RStudio Server, интерфейс до версии R, работающей на удаленном сервере Linux, которая приводит IDE к развертыванию на основе сервера.

Related