Как установить пакеты R с помощью devtools в Ubuntu 16.04

Вступление

R - это популярный язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических вычислениях и графике. Он широко используется для разработки статистического программного обеспечения и анализа данных. R легко расширяется, и сообщество известно постоянным добавлением пользовательских пакетов для конкретных областей исследования, что делает его применимым ко многим областям.

В этом руководстве мы покажем вам, как установить devtools и использовать его для установки пакета непосредственно из GitHub.

Предпосылки

Для продолжения вам понадобится R, установленный на сервере Ubuntu 16.04 с минимум 1 ГБ ОЗУ и пользователем без полномочий root с привилегиями + sudo +. Как настроить R в Ubuntu 16.04 может помочь вам.

Шаг 1 - Установка системных зависимостей для devtools

Мы установим devtools из интерактивной оболочки, но прежде чем сделать это, нам нужно установить следующие системные зависимости:

sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Как только это будет завершено, мы готовы продолжить.

Шаг 2 - Установка пакета Devtools

Devtools позволит нам устанавливать и собирать пакеты напрямую из GitHub, BitBucket, локальных файлов, а также устанавливать конкретные версии из CRAN. Чтобы сделать + devtools + доступным для всего сайта, мы введем оболочку R в качестве пользователя root:

sudo -i R

Внутри монитора мы будем использовать функцию + install.packages () + для установки + devtools + из официальной Comprehensive R Archive Network (CRAN) ,

install.packages('devtools')

Когда будет предложено, мы выберем 1 для 0-Cloud, который соединит нас с Сетью доставки контента (CDN), предоставленной RStudio, чтобы получить географически ближайшее зеркало. После того, как мы сделаем выбор, начнется установка. Это может занять некоторое время. Когда он закончится, ближе к концу вывода установки мы должны увидеть:

Output...
** testing if installed package can be loaded
* DONE (devtools)

Далее, мы протестируем его и получим проект прямо из GitHub.

Шаг 3 - Установка пакета R из GitHub

На этом шаге мы собираемся установить последнюю сборочную версию Shiny, фреймворка веб-приложений для R, непосредственно из GitHub. Мы сделаем это с помощью функции + install_github +, предоставляемой + devtools +. Пакет GitHub определяется его автором (+ rstudio +) и его именем (+ блестящий +), который можно найти по URL-адресу GitHub главной страницы проекта: + https: // github.com / +.

Используйте следующую команду для установки:

devtools::install_github('rstudio/shiny')

Установка успешно завершена, когда мы видим следующие строки в конце и возвращаемся в приглашение R:

Output. . .
** testing if installed package can be loaded
* DONE (shiny)
>

Мы можем увидеть конкретную версию Shiny, которую мы установили с помощью следующей команды:

packageVersion("shiny")

Output[1] ‘0.14.0.9000’

На следующем шаге мы кратко рассмотрим Shiny. Сначала нам нужно выполнить несколько задач системного уровня, поэтому мы выйдем из монитора с помощью следующей команды или с помощью CTRL-D:

q()

Любой из них предложит вам сохранить образ рабочего пространства, рабочую среду R, которая включает в себя определенные пользователем объекты. В этом нет необходимости, поэтому вы можете безопасно ввести + n +.

Поскольку мы будем использовать веб-браузер, чтобы посмотреть на пример того, что может сделать Shiny, мы позаботимся о том, чтобы веб-трафик был разрешен.

Проверьте брандмауэр

Shiny - это фреймворк для веб-приложений, поэтому для просмотра его примеров в браузере нам необходимо убедиться, что веб-трафик разрешен на нашем брандмауэре. Встроенный веб-сервер случайным образом выбирает порт при каждом запуске, если только он не запускается с определенным значением. Чтобы упростить управление брандмауэром, мы укажем порт 4040 при запуске нашего примера.

Давайте проверим состояние брандмауэра:

sudo ufw status

В этом случае только SSH разрешен через:

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)

У вас могут быть другие правила или вообще нет правил брандмауэра. Поскольку в этом случае разрешен только трафик SSH, мы добавим порт 4040 и проверим состояние, когда закончим:

sudo ufw allow 4040/tcp
sudo ufw status

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
4040/tcp                   ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)
4040/tcp (v6)              ALLOW       Anywhere (v6)

С настроенным брандмауэром мы готовы взглянуть на Shiny.

Run Shiny:

Мы подключимся к R, на этот раз как обычный пользователь:

Далее мы загрузим + блестящий +:

library("shiny")

Блестящий включает в себя одиннадцать встроенных примеров, которые демонстрируют, как это работает. Мы загрузим библиотеку + perfect +, а затем запустим первый пример. Поскольку мы работаем на удаленном сервере, мы будем указывать адрес хоста для просмотра с нашего локального компьютера. Мы также установим + launch.browser в` + FALSE`, чтобы он не пытался запустить браузер на удаленном сервере:

runExample("01_hello", host = "", port = 4040, launch.browser= FALSE)

OutputListening on http://:4040

Давайте посетим этот URL в веб-браузере:

изображение: http: //assets.digitalocean.com/articles/R-1604/shiny-01-hello.png [Снимок экрана примера 01 - Привет из Shiny]

Мы установили Shiny, чтобы проиллюстрировать использование + devtools + для установки непосредственно из репозитория GitHub. Затем мы запустили пример приложения Shiny без повышенных прав, чтобы убедиться, что все пользователи имеют доступ к пакету.

Переустановка стабильной версии Shiny

В производственной ситуации мы будем устанавливать из CRAN, если у нас не было веской причины для установки из репозитория.

Давайте вернемся к стабильному пакету. Сначала мы прервем сервер с помощью CTRL-C, затем выйдем из оболочки R с помощью CTRL-D и снова войдем в него как root:

sudo -i R

Поскольку мы вышли из оболочки, нам будет предложено выбрать зеркало, и мы снова выберем.

Мы можем установить стабильную версию с помощью следующей команды, которая перезапишет установку из GitHub, которую мы завершили на предыдущем шаге:

install.packages("shiny")

Давайте проверим изменение в версии:

packageVersion("shiny")

Output[1] ‘0.14’

Вывод показывает, что вместо + 0.14.9000 +, версии, которую мы установили из GitHub, мы сейчас работаем со стабильной версией.

Заключение

В этом руководстве мы установили последний пакет Shiny непосредственно из GitHub и узнали, как переустановить его стабильный выпуск из CRAN. Если вы хотите узнать больше о самой Shiny, вы можете ознакомиться с Shiny tutorial от RStudio. Вас также может заинтересовать ininstall сервер с открытым исходным кодом RStudio Server, интерфейс до версии R, работающей на удаленном сервере Linux, которая приводит IDE к развертыванию на основе сервера.

TOC