TOC

Как установить R в Debian 9

Вступление

R - это язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических вычислениях и графике. При поддержке Фонда R для статистических вычислений он широко используется для разработки статистического программного обеспечения и анализа данных. Все более популярный и расширяемый язык с активным сообществом, R предлагает множество пользовательских пакетов для конкретных областей обучения, что делает его применимым во многих областях.

В этом уроке мы установим R и покажем, как добавлять пакеты из официальной архивной сети Comprehensive R (CRAN).

Предпосылки

Чтобы следовать этому руководству, вам понадобится сервер Debian 9 с:

  • по крайней мере 1 ГБ ОЗУ

  • пользователь без полномочий root с привилегиями + sudo +

Чтобы узнать, как выполнить эту настройку, следуйте нашему Debian 9 первоначальному руководству по установке сервера.

Как только эти предварительные условия созданы, вы готовы начать.

Шаг 1 - Установка зависимостей

Поскольку R - это быстро развивающийся проект, последняя стабильная версия не всегда доступна в репозиториях Debian, поэтому нам нужно добавить внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN. Для этого нам нужно установить некоторые зависимости для образа облака Debian 9.

Для выполнения сетевых операций, которые управляют и загружают сертификаты, нам нужно установить + dirmngr +, чтобы мы могли добавить внешний репозиторий.

sudo apt install dirmngr --install-recommends

Чтобы добавить ссылку PPA на Debian, нам нужно использовать команду + add-apt-repository +. Для установок, где эта команда может быть недоступна, вы можете добавить эту утилиту в свою систему, установив + software-properties-common +:

sudo apt install software-properties-common

Наконец, чтобы обеспечить поддержку HTTPS для безопасных протоколов, мы установим следующий инструмент:

sudo apt install apt-transport-https

С этими зависимостями мы готовы установить R.

Шаг 2 - Установка R

Для самой последней версии R мы будем устанавливать из репозиториев CRAN.

Давайте сначала добавим соответствующий ключ GPG.

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

Когда мы запустим команду, мы получим следующий вывод:

OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

Получив доверенный ключ, мы можем добавить репозиторий. Обратите внимание, что если вы не используете Debian 9 (Stretch), вы можете посмотреть на supported R ветки Debian проекта с именем за каждый релиз.

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'

Теперь нам нужно запустить + update + после этого, чтобы включить манифесты пакетов из нового репозитория.

sudo apt update

Среди отображаемых результатов вы должны выделить строки, подобные следующим:

Output...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...

Если указанные выше строки появляются в выводе команды + update +, мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что случайно не установим старую версию.

На данный момент мы готовы установить R с помощью следующей команды.

sudo apt install r-base

Если будет предложено подтвердить установку, нажмите + y + для продолжения.

На момент написания последней стабильной версии R от CRAN является 3.5.1, которая отображается при запуске R.

Так как мы планируем установить пример пакета для каждого пользователя в системе, мы запустим R как root, чтобы библиотеки были доступны всем пользователям автоматически. В качестве альтернативы, если вы запускаете команду + R + без + sudo +, для вашего пользователя можно настроить личную библиотеку.

sudo -i R
Output
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в его интерактивную оболочку.

Шаг 3 - Установка пакетов R из CRAN

Сильной стороной R является ее доступное множество дополнительных пакетов. Для демонстрации мы установим https://cran.r-project.org/web/packages/txtplot/index.html [+ txtplot +], библиотеку, которая выводит графики ASCII, которые включают в себя график рассеяния, линейный график, плотность сюжет, акф и гистограммы:

install.packages('txtplot')

Когда установка завершится, мы можем загрузить + txtplot +:

library('txtplot')

Если сообщений об ошибках нет, библиотека успешно загружена. Давайте теперь приведем его в действие на примере, демонстрирующем основную функцию построения графиков с метками осей. Пример данных, предоставляемых пакетом + datasets + R, содержит the скорость автомобилей и необходимое расстояние остановиться на основе данных 1920-х годов:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
 120 +                                                   *    +
     |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
  20 +           *    *  * *       *                          +
     |  *      *    *                                         |
   0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
          5          10           15          20          25
                               speed

Если вам интересно узнать больше о + txtplot +, используйте + help (txtplot) + из интерпретатора R.

Любой предварительно скомпилированный пакет может быть установлен из CRAN с помощью + install.packages () +. Чтобы узнать больше о том, что доступно, вы можете найти список официальных пакетов, организованных по имени, через Available CRAN Packages By Name list.

Чтобы выйти из R, вы можете набрать + q () +. Если вы не хотите сохранить изображение рабочей области, вы можете нажать + n +.

Заключение

Если R успешно установлена ​​на вашем сервере, вас может заинтересовать это руководство по адресу https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-cloud-server [ установка сервера RStudio], чтобы перенести IDE в только что завершенное развертывание на основе сервера. Вы также можете узнать, как настроить Shiny сервер для преобразования вашего R код в интерактивных веб-страницах.

Для получения дополнительной информации о том, как установить пакеты R, используя различные инструменты, вы можете прочитать о том, как напрямую install. из GitHub, BitBucket или других местах. Это позволит вам воспользоваться самой последней работой активного сообщества.

Related