Ubuntu 14.04でRをセットアップする方法

前書き

Rは、統計計算とグラフィックスに特化した人気のあるオープンソースプログラミング言語です。統計ソフトウェアの開発とデータ分析の実行のために、統計学者によって広く使用されています。 Rの強みの1つは、ユーザーが独自のパッケージを作成および送信できるようにすることで、非常に簡単に拡張できることです。 Rコミュニティは非常に活発であることが知られており、特定の研究分野に対してユーザーが生成した統計パッケージを継続的に追加することで注目されています。これにより、Rは多くの研究分野に適用できます。

「包括的なRアーカイブネットワーク」（http://cran.r-project.org/[CRAN]）は、多くのRパッケージとRディストリビューション自体で構成される同一のマテリアルを運ぶサイトのコレクション（_mirrors_と呼ばれる）です。 Rおよび多くのRパッケージは、http：//cran.r-project.org/mirrors.html [CRAN mirrors]からダウンロードできますが、http：//www.rstudio.com/ [RStudio]を使用します鏡。

このガイドでは、Ubuntu 14.04を実行しているDigitalOcean DropletでRをセットアップする方法を学びます。ドロップレットが別のオペレーティングシステムを実行している場合、ほとんどの手順は引き続き適用されますが、一部のコマンドを変更する必要がある場合があります。このガイドに従って完了するには、約10〜15分かかります。

前提条件

このチュートリアルでは、次のものが必要です。

1 GB以上のRAMを備えたUbuntu 14.04ドロップレット。このチュートリアルのすべてのコマンドは、非rootユーザーとして実行する必要があります。コマンドにルートアクセスが必要な場合は、先頭に「+ sudo +」が付きます。 Ubuntu 14.04での初期サーバー設定では、ユーザーを追加してsudoアクセスを許可する方法について説明しています。

ステップ1-APTのセットアップ

Rをインストールするには、APT（Advanced Packaging Tool）ツールを使用します。パッケージのダウンロード元のソースをリストした特別なファイルを使用します。そのファイルは `+ / etc / apt / sources.list `です。 Rの最新バージョンを取得するには、sourcesファイルに行を追加して、ソースのリストに正しい_repository_を追加する必要があります。追加する必要がある正確な行は、Ubuntuのバージョンによって異なります。 Ubuntu 14.04の場合、次のコマンドを実行して、正しいリポジトリを ` / etc / apt / sources.list +`に追加します。

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

別のUbuntuバージョンを実行している場合は、追加する正しいリポジトリについてhttp://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README [このドキュメント]を参照してください。

APTを使用してダウンロードしたパッケージを認証するには、公開キーを追加する必要があります。 CRAN上のUbuntuアーカイブは、ID E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9のキーで署名されています。このキーをシステムに追加します。

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

次に、キーを `+ apt +`に追加する必要があります。

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

ステップ2-Rのインストール

APTが適切にセットアップされたので、これを使用してRをインストールする準備ができました。

まず、ソースリストを更新したため、使用可能なパッケージのリストを更新する必要があります。

sudo apt-get update

これで、Rをインストールできます。パッケージをダウンロードするかどうかを確認するメッセージが表示されたら、「+-y +」フラグを使用して* Yes *に自動的に応答します。

sudo apt-get -y install r-base

この時点で、Dropletに最新のRバージョンがインストールされているはずです。これをテストするには、 `+ R +`コマンドを実行します。

次のような出力が表示されます。

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

 Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

これで、Rインタラクティブシェル内になり、任意のRコマンドを実行できます。

Rを終了し、 `+ q（）+`関数を使用してドロップレットに戻ります。

q(save = "no")

ステップ3-CRANからのRパッケージのインストール

RがDropletにインストールされたので、DropletのすべてのユーザーがRを使用できます。 Rをインストールすると、多くのデフォルトパッケージが自動的にインストールされますが、Rで本当に意味のあることを行うには、おそらく追加のパッケージをインストールする必要があります。多くのパッケージをインストールするには、少なくとも1 GBのRAMが使用可能であることが重要です。

前述したように、CRANはR自体だけでなく、多くのRパッケージもホストします。 CRANでホストされている新しいRパッケージをインストールするか、既存のパッケージを更新するには、Rで `+ install.packages（）+`関数を使用します。 packageをインストールする場合は、Rを開いて次のRコマンドを実行します。

# This is an example, do not run this
install.packages("")

ただし、Rの特定のユーザーがインストールしたパッケージは、デフォルトでそのユーザーのみが使用できます。たとえば、ユーザー* sammy がインストールされている場合、ユーザー jessie *はインストールするまで使用できません。

Rパッケージは、* root としてインストールすることにより、Droplet上のすべてのユーザーが使用できる方法でインストールできます。例として、http：//shiny.rstudio.com/ [+ shiny +]パッケージをインストールしましょう。これは、RコードからWebアプリケーションを作成するために使用される非常に人気のあるパッケージです。パッケージを root としてインストールする1つの方法は、 root *としてログインし、Rを実行し、 `+ install.packages（）`コマンドを実行することです。ただし、* root *としてログインしないことをお勧めします。そのため、代わりにRコマンドを* root *として実行できます。また、パッケージがRStudio CRANリポジトリからダウンロードされるように「 repos +」パラメーターも指定します。これは、R自体をダウンロードするときに使用したものと同じです。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Rを開いて `+ install.packages（）`コマンドを実行するのではなく、この方法でパッケージをインストールすると、Dropletのすべてのユーザーが ` shiny +`パッケージを利用できるようになります。

ロードしてみて、「+ shiny +」が正しくインストールされたことを確認しましょう。 Rセッションを開始します。

Rで、 `+ shiny +`パッケージをロードしてみてください。

library(shiny)

前のコマンドを実行してもエラーは発生しません。 Rを終了します

q(save = "no")

ステップ4-`+ devtools +`パッケージのインストール

多くのRパッケージはCRANでホストされ、組み込みの + install.packages（）+`関数を使用してインストールできますが、https：//github.com/ [GitHub]でホストされているパッケージは他にもたくさんありますが、 CRANではありません。 GitHubからRパッケージをインストールするには、 `+ devtools + Rパッケージを使用する必要があるため、インストールします。

+ devtools + Rパッケージでは、3つのシステムパッケージ、つまり + libcurl4-gnutls-dev +、 + libxml2-dev +、および `+ libssl-devc +`をDropletにインストールする必要があります。次の3つのパッケージをインストールします。

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

これで、 + devtools + Rパッケージをインストールできます。 `+ devtools +`はすべてのユーザーが利用できるはずなので、Rセッション内にインストールするのではなく、上記と同じ方法を使用してインストールすることを忘れないでください。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

`+ devtools +`をインストールする上記のコマンドが完了するまでに数分かかる場合があります。

ステップ5-GitHubからRパッケージをインストールする

+ devtools +`がインストールされたので、 `+ install_github（）+`関数を使用してGitHubにあるRパッケージをインストールできます。 CRANパッケージと同様に、GitHubパッケージをインストールするときは、システムシェルからコマンドを実行して、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにする必要があります。 https://github.com/daattali/shinyjs [+ shinyjs `] GitHubパッケージをインストールしてみましょう。これにより、 ` shiny `パッケージに機能が追加されます。 GitHubパッケージは、作成者（ ` daattali `）とその名前（ ` shinyjs +`）によって定義されます。

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

ロードしようとして、 `+ shinyjs +`が正しくインストールされたことを確認しましょう。 Rセッションを開始します。

Rで、 `+ shinyjs +`パッケージをロードしてみてください。

library(shinyjs)

前のコマンドを実行すると、いくつかのメッセージが表示される場合がありますが、エラーメッセージは表示されません。 Rを終了します

q(save = "no")

次のステップ

これで、DropletにRが正常にインストールされました。

Rの詳細については、http：//www.r-project.org/ [Rの公式Webサイト]にアクセスするか、Rを実践的かつインタラクティブにhttp://swirlstats.com/[+swirl+パッケージ]。

CRANおよびCRANの詳細については、http：//cran.r-project.org/ [CRANの公式Webサイト]をご覧ください。

ドロップレットでRコードを作成するためのより良い経験のために、https：//www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-を使用してRStudioサーバーをインストールすることができます。クラウドサーバー[このチュートリアル]。

DropletでShinyコードをホストする場合は、https：//www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-shiny-server-onを使用してShiny Serverをインストールできます。 -ubuntu-14-04 [このチュートリアル]。

結論

このガイドでは、Ubuntu 14.04ドロップレットでRをセットアップするために必要な手順を実行しました。また、GitHubとCRANからのRパッケージのインストールの違いと、これらのパッケージをDropletのすべてのユーザーが利用できるようにする方法を学びました。

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