Ubuntu 18.04でdevtoolsを使用してRパッケージをインストールする方法

前書き

人気のあるオープンソースのプログラミング言語であるRは、統計計算とグラフィックスを専門としています。 統計ソフトウェアの開発とデータ分析の実行に広く使用されています。 Rコミュニティは、特定の研究分野向けにユーザー生成パッケージを継続的に追加することで知られています。これにより、多くの分野に適用できます。

このチュートリアルでは、devtoolsをインストールし、それを使用してGitHubからRパッケージを直接インストールする方法について説明します。

前提条件

このチュートリアルを進めるには、Ubuntu 18.04サーバーと次のものが必要です。

これらの前提条件が整ったら、開始する準備が整います。

ステップ1-devtoolsのシステム依存関係のインストール

対話型シェルからdevtoolsをインストールしますが、その前にこれらのシステム依存関係をインストールする必要があります。

sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

これらの依存関係が整ったら、続行する準備が整いました。

ステップ2-devtoolsパッケージのインストール

devtoolsを使用して、GitHub、BitBucket、ローカルファイルからパッケージを直接インストールおよびビルドし、CRANから特定のバージョンをインストールできます。 開発ツールをシステム全体で利用できるようにするには、ルートとしてRのシェルを入力します。

sudo -i R

モニター内から、 `+ install.packages()`関数を使用して、公式のhttp://cran.r-project.org/[Comprehensive R Archive Network(CRAN)]から ` devtools +`をインストールします。 。

install.packages('devtools')

インストールには時間がかかる場合があります。 完了すると、インストール出力の終わり近くに、次のように表示されます。

Output...
** testing if installed package can be loaded
* DONE (devtools)

次に、GitHubから直接プロジェクトを取得してビルドする際に、それをテストします。

ステップ3-GitHubからRパッケージをインストールする

このステップでは、R用のWebアプリケーションフレームワークであるShinyの最新の開発ビルドをGitHubから直接インストールします。 これは、devtoolsが提供する「+ install_github 」関数を使用して行います。 GitHubパッケージは、その作成者( ` rstudio `)とその名前( ` shiny `)によって定義されます。これは、メインプロジェクトページのGitHub URL: ` https:// github.com / +`から見つけることができます。

次のコマンドを使用してインストールします。

devtools::install_github('rstudio/shiny')

出力の終わり近くに次の行が表示され、Rプロンプトに戻ると、インストールは正常に完了しています。

Output. . .
** testing if installed package can be loaded
* DONE (shiny)
>

次のコマンドを使用して、インストールしたShinyの特定のバージョンを確認できます。

packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0.9000’

次のステップでは、Shinyを簡単に見ていきます。 最初にいくつかのシステムレベルのタスクを実行する必要があるため、次のコマンドを使用するか、CTRL-Dを使用してモニターを終了します。

q()

どちらの場合も、ユーザー定義オブジェクトを含むRの作業環境であるワークスペースイメージを保存するよう求められます。 これは私たちの目的には必要ないので、安全に「+ n +」を入力できます。

Webブラウザを使用してShinyでできることの例を確認するため、Webトラフィックが許可されるようにします。

ファイアウォールを確認する

ShinyはWebアプリケーションフレームワークです。そのため、ブラウザでサンプルを表示するには、ファイアウォールでWebトラフィックが許可されていることを確認する必要があります。 ビルトインWebサーバーは、特定の値でポートを開始しない限り、起動されるたびにポートをランダムに選択します。 ファイアウォール管理を簡単にするために、例を実行するときにポート4040を指定します。

ファイアウォールが有効になっている場合は、ファイアウォールのステータスを確認しましょう。

sudo ufw status

前提条件のチュートリアルに従った場合、次の出力に示されているように、SSHのみが許可されます。

OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)

他のルールが設定されているか、ファイアウォールルールがまったくない場合があります。 この場合、SSHトラフィックのみが許可されているため、ポート4040を追加し、完了したらステータスを確認します。

sudo ufw allow 4040/tcp
sudo ufw status
OutputStatus: active

To                         Action      From
--                         ------      ----
OpenSSH                    ALLOW       Anywhere
4040/tcp                   ALLOW       Anywhere
OpenSSH (v6)               ALLOW       Anywhere (v6)
4040/tcp (v6)              ALLOW       Anywhere (v6)

ファイアウォールを設定したら、Shinyを確認する準備が整いました。

光沢のある実行:

今回は通常のユーザーとしてRに接続します。 タイトルケースとして「+ R +」を入力してください。

R

次に、Shinyパッケージをロードします。

library("shiny")

Shinyには、動作の仕組みを示す11の組み込みサンプルが含まれています。 ライブラリをロードしてから、最初の例を実行します。 リモートサーバーで作業しているため、ローカルマシンから参照するためにホストアドレスを指定します。 また、リモートサーバーでブラウザを起動しようとしないように、「+ launch.browser 」を「 FALSE +」に設定します。

runExample("01_hello", host = "", port = 4040, launch.browser= FALSE)
OutputListening on http://:4040

WebブラウザでこのURLにアクセスしてみましょう。

image:http://assets.digitalocean.com/articles/R-1604/r-shiny-1804.png [シャイニーの01-Helloサンプルのスクリーンショット]

Shinitをインストールして、devtoolsを使用してGitHubリポジトリから直接インストールする方法を説明しました。 次に、昇格した特権なしでサンプルのShinyアプリケーションを実行し、すべてのユーザーがパッケージにアクセスできることを確認しました。

Shinyの安定バージョンの再インストール

本番環境では、リポジトリからインストールする説得力のある理由がない限り、CRANからインストールします。

安定したパッケージに戻りましょう。 最初に、 + CTRL + + + C +`でサーバーを中断し、 `+ CTRL + + `+ D +`でRシェルを終了し、ルートとして再入力します。

sudo -i R

次のコマンドで安定バージョンをインストールできます。これにより、前の手順で完了したGitHubからのインストールが上書きされます。

install.packages("shiny")

バージョンの変更を確認しましょう:

packageVersion("shiny")
Output[1] ‘1.1.0’

出力は、GitHubからインストールしたバージョンである「1.1.0.9000」ではなく、安定版リリースを実行していることを示しています。

結論

このチュートリアルでは、最新のShinyパッケージをGitHubから直接インストールし、CRANから安定版リリースを再インストールする方法を学びました。

Shiny自体について詳しく知りたい場合は、RStudioのhttp://shiny.rstudio.com/tutorial/[Shiny tutorial]をご覧ください。 また、https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-cloud-server [オープンソースのRStudioサーバーのインストール]、インターフェースにも興味があるかもしれません。リモートLinuxサーバーで実行されているRのバージョンへ。これにより、IDEがサーバーベースの展開になります。

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