Comment configurer R sur Ubuntu 14.04

introduction

R est un langage de programmation open source populaire spécialisé dans l’informatique statistique et les graphiques. Il est largement utilisé par les statisticiens pour développer des logiciels statistiques et analyser des données. L’un des points forts de R est qu’il est hautement et facilement extensible en permettant aux utilisateurs de créer et de soumettre leurs propres packages. On sait que la communauté R est très active et qu’elle ajoute continuellement des progiciels statistiques générés par les utilisateurs pour des domaines d’étude spécifiques, ce qui permet à R de s’appliquer à de nombreux domaines d’études.

Le «réseau complet d’archives R» (CRAN) est un ensemble de sites (appelés mirrors) qui contiennent un matériel identique, composé de nombreux packages R et des distributions R elles-mêmes. Vous pouvez télécharger R et plusieurs packages R à partir de l’un des miroirs CRAN, mais nous utiliserons le RStudio. miroir.

Dans ce guide, nous allons apprendre à configurer R sur un droplet DigitalOcean exécutant Ubuntu 14.04. Si votre Droplet exécute un système d’exploitation différent, la plupart des instructions s’appliqueront toujours, mais vous devrez peut-être modifier certaines commandes. Suivre ce guide à bien devrait prendre environ 10-15 minutes.

Conditions préalables

Pour ce tutoriel, vous aurez besoin de:

  • Une Ubuntu 14.04 Droplet avec au moins 1 Go de RAM. Toutes les commandes de ce didacticiel doivent être exécutées en tant qu’utilisateur non root. Si un accès root est requis pour la commande, il sera précédé de + sudo +. https://www.digitalocean.com/community/tutorials/initial-server-setup-with-ubuntu-14-04 La configuration initiale du serveur avec Ubuntu 14.04] explique comment ajouter des utilisateurs et leur donner un accès immédiat.

Étape 1 - Configuration de l’APT

Pour installer R, nous allons utiliser l’outil APT (Advanced Packaging Tool). Il utilise un fichier spécial qui répertorie les sources d’où les paquets doivent être téléchargés. Ce fichier est + / etc / apt / sources.list +. Afin d’obtenir la version la plus récente de R, nous devons ajouter le repository correct à la liste des sources en ajoutant une ligne au fichier sources. La ligne exacte à ajouter variera en fonction de la version exacte d’Ubuntu. Pour Ubuntu 14.04, exécutez la commande suivante pour ajouter le référentiel correct à + ​​/ etc / apt / sources.list +.

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Si vous utilisez une version différente d’Ubuntu, consultez cet document pour connaître le référentiel à ajouter.

Pour authentifier les paquets téléchargés avec APT, nous devons ajouter une clé publique. Les archives Ubuntu sur CRAN sont signées avec une clé portant l’ID E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9. Ajoutez cette clé à votre système.

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Ensuite, nous devons ajouter la clé à + ​​apt +.

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

Étape 2 - Installation de R

Maintenant que APT a été configuré correctement, nous sommes prêts à l’utiliser pour installer R.

Premièrement, nous devons mettre à jour la liste des paquets disponibles depuis la mise à jour de la liste des sources.

sudo apt-get update

Maintenant nous pouvons installer R. Nous utilisons le drapeau + -y + pour répondre automatiquement * Oui * à la question de savoir si nous sommes sûrs de vouloir télécharger le package.

sudo apt-get -y install r-base

À ce stade, vous devriez avoir une installation de la dernière version R sur votre Droplet. Vous pouvez tester cela en exécutant la commande + R +.

R

Vous devriez voir une sortie similaire à la suivante.

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

 Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Vous êtes maintenant dans le shell interactif R et pouvez exécuter des commandes R arbitraires.

Quittez R et revenez dans votre Droplet avec la fonction + q () +:

q(save = "no")

Étape 3 - Installation des packages R à partir de CRAN

Maintenant que R est installé sur votre Droplet, tout utilisateur de Droplet peut utiliser R. Lorsque R est installé, il installe automatiquement un certain nombre de packages par défaut, mais vous devrez probablement installer des packages supplémentaires pour pouvoir réaliser des tâches réellement significatives dans R. Il est important de disposer d’au moins 1 Go de RAM pour pouvoir installer de nombreux packages.

Comme mentionné précédemment, CRAN héberge non seulement R, mais également de nombreux packages R. Pour installer de nouveaux packages R hébergés sur CRAN ou pour mettre à jour des packages existants, vous utilisez la fonction + install.packages () + dans R. Si vous souhaitez installer un package, vous devez ouvrir R et exécuter la commande R suivante.

# This is an example, do not run this
install.packages("")

Cependant, tout package installé par un utilisateur spécifique dans R ne sera disponible que par défaut pour cet utilisateur. Par exemple, si l’utilisateur * sammy * est installé, l’utilisateur * jessie * ne pourra pas l’utiliser tant qu’il ne l’installera pas également.

Il est possible d’installer un package R de manière à le rendre disponible pour tous les utilisateurs du Droplet en l’installant en tant que * root *. Par exemple, installons le paquet http://shiny.rstudio.com/ [+ shiny +], un paquet très populaire utilisé pour créer des applications Web à partir de code R. Une façon d’installer le paquet en tant que * racine * serait de vous connecter en tant que * racine *, exécutez R et exécutez la commande + install.packages () +. Cependant, il est recommandé de ne pas vous connecter en tant que * root *. Par conséquent, nous pouvons simplement exécuter la commande R en tant que * root *. Nous allons également spécifier le paramètre + repos + pour que le paquet soit téléchargé depuis le référentiel RStudio CRAN, le même que celui utilisé lors du téléchargement de R lui-même.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

En installant un package de cette manière plutôt qu’en ouvrant R et en exécutant la commande + install.packages () +, le package + shiny + est mis à la disposition de tous les utilisateurs du droplet.

Voyons si + shiny + a été installé correctement en essayant de le charger. Démarrer une session R.

R

Dans R, essayez de charger le paquetage + brillant +.

library(shiny)

L’exécution de la commande précédente ne devrait entraîner aucune erreur. Maintenant quitte R.

q(save = "no")

Étape 4 - Installation du paquet + devtools +

De nombreux packages R sont hébergés sur CRAN et peuvent être installés à l’aide de la fonction intégrée + install.packages () +, mais de nombreux autres packages sont hébergés sur GitHub. pas sur CRAN. Pour installer les packages R à partir de GitHub, nous devons utiliser le package + devtools + R, nous allons donc l’installer.

Le package + devtools + R nécessite l’installation de trois packages système sur la droplet, à savoir + libcurl4-gnutls-dev +, + libxml2-dev + et + libssl-devc +. Installez ces trois paquets:

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Le package + devtools + R peut maintenant être installé. N’oubliez pas que nous souhaitons l’installer en utilisant la même méthode que celle décrite ci-dessus, plutôt que de l’installer dans une session R, car + devtools + devrait être disponible pour tous les utilisateurs.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

La commande ci-dessus pour installer + devtools + peut prendre plusieurs minutes.

Étape 5 - Installation des paquetages R à partir de GitHub

Maintenant que + devtools + est installé, nous pouvons installer n’importe quel paquetage R présent sur GitHub en utilisant la fonction + install_github () +. Comme avec les packages CRAN, lors de l’installation des packages GitHub, vous devez exécuter la commande à partir du shell du système pour rendre le package disponible pour tous les utilisateurs. Essayons d’installer le paquet https://github.com/daattali/shinyjs [+ shinyjs +] GitHub, qui ajoute des fonctionnalités au paquet + shiny +. Un paquet GitHub est défini par son auteur (+ daattali +) et son nom (+ shinyjs +).

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Vérifions que + shinyjs + a été installé correctement en essayant de le charger. Démarrer une session R.

R

Dans R, essayez de charger le paquet + shinyjs +.

library(shinyjs)

L’exécution de la commande précédente peut générer certains messages, mais aucun message d’erreur. Maintenant quitte R.

q(save = "no")

Prochaines étapes

Vous avez maintenant une installation R fonctionnelle sur votre Droplet.

Pour en savoir plus sur R, visitez le site Web officiel de R ou essayez d’apprendre R de manière interactive et interactive with the + swirl + paquet.

Pour plus d’informations sur CRAN et ses offres, visitez the site Web officiel de CRAN.

Pour une meilleure expérience de l’écriture de code R sur votre Droplet, vous pouvez installer un serveur RStudio à l’aide de https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu- serveur cloud [ce tutoriel].

Si vous souhaitez héberger l’un de vos codes Shiny sur votre Droplet, vous pouvez installer un serveur Shiny à l’aide de https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-shiny-server-on. -ubuntu-14-04 [ce tutoriel].

Conclusion

Dans ce guide, nous avons décrit les étapes requises pour configurer R sur une gouttelette Ubuntu 14.04. Nous avons également appris la différence entre l’installation des packages R à partir de GitHub et CRAN et comment nous assurer que ces packages sont disponibles pour tous les utilisateurs du droplet.