Une version précédente de ce tutoriel a été écrite par Melissa Anderson .
introduction
R est un langage de programmation open source spécialisé dans l’informatique statistique et les graphiques. Soutenu par la Fondation R pour l’informatique statistique, il est largement utilisé pour développer un logiciel de statistique et effectuer une analyse de données. Langage de plus en plus populaire et extensible avec une communauté active, R propose de nombreux packages générés par les utilisateurs pour des domaines d’études spécifiques, ce qui les rend applicables à de nombreux domaines.
Dans ce tutoriel, nous installerons R et montrerons comment ajouter des paquetages à partir du réseau d’archivage officiel CRrehrehR (CRAN).
Conditions préalables
Pour suivre ce tutoriel, vous aurez besoin d’un serveur Ubuntu 18.04 avec:
-
au moins 1 Go de RAM
-
un utilisateur non root avec les privilèges
+ sudo +
Pour savoir comment réaliser cette configuration, suivez notre manual guide de configuration du serveur ou exécutez notre https: / /www.digitalocean.com/community/tutorials/automating-initial-server-setup-with-ubuntu-18-04[automated script].
Une fois que ces conditions préalables sont en place, vous êtes prêt à commencer.
Étape 1 - Installation de R
Étant donné que R est un projet en évolution rapide, la dernière version stable n’est pas toujours disponible dans les référentiels d’Ubuntu. Nous allons donc commencer par ajouter le référentiel externe géré par CRAN.
Ajoutons d’abord la clé GPG appropriée.
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9Lorsque nous exécutons la commande, nous recevons le résultat suivant:
OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.4BZzh1TALq/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1Une fois que nous avons la clé de confiance, nous pouvons ajouter le référentiel. Notez que si vous n’utilisez pas 18.04, vous pouvez trouver le référentiel approprié dans la liste R Project Ubuntu, nommée pour chaque version.
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'Parmi les résultats affichés, vous devez identifier des lignes similaires à ce qui suit:
Output...
Get:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3609 B]
...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [21.0 kB]
...Maintenant, nous devrons exécuter + update + après cela pour inclure les manifestes de paquet du nouveau référentiel.
sudo apt updateParmi les sorties devrait figurer une ligne semblable à la suivante:
Output...
Hit:2 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
...Si la ligne ci-dessus apparaît dans la sortie de la commande + update +, nous avons correctement ajouté le référentiel. Nous pouvons être sûrs de ne pas installer accidentellement une version plus ancienne.
À ce stade, nous sommes prêts à installer R à l’aide de la commande suivante.
sudo apt install r-baseSi vous êtes invité à confirmer l’installation, appuyez sur + y + pour continuer.
Au moment de la rédaction de ce manuel, la dernière version stable de R de CRAN est la version 3.5.1, qui s’affiche lorsque vous démarrez R.
Étant donné que nous prévoyons d’installer un exemple de package pour chaque utilisateur du système, nous allons démarrer R en tant que root afin que les bibliothèques soient automatiquement accessibles à tous les utilisateurs. Sinon, si vous exécutez la commande + R + sans + sudo +, une bibliothèque personnelle peut être configurée pour votre utilisateur.
sudo -i ROutput
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>Cela confirme que nous avons correctement installé R et entré dans son shell interactif.
Étape 2 - Installation des packages R à partir de CRAN
Une des forces de R réside dans son abondance de packages complémentaires. À des fins de démonstration, nous installerons https://cran.r-project.org/web/packages/txtplot/index.html [+ txtplot +], une bibliothèque générant des graphes ASCII comprenant scatterplot, line plot, density graphique de terrain, acf et barres:
install.packages('txtplot')Lorsque l’installation est terminée, nous pouvons charger + txtplot +:
library('txtplot')S’il n’y a pas de message d’erreur, la bibliothèque a été chargée avec succès. Mettons cela maintenant en action avec un exemple qui illustre une fonction de traçage de base avec des étiquettes d’axe. Les exemples de données, fournis par le paquet + datasets + de R, contiennent la vitesse des voitures et la distance requise arrêter en se basant sur des données des années 1920:
txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')Output +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speedSi vous souhaitez en savoir plus sur + txtplot +, utilisez + help (txtplot) + depuis l’interpréteur R.
Tout paquet précompilé peut être installé à partir de CRAN avec + install.packages () +. Pour en savoir plus sur ce qui est disponible, vous pouvez trouver une liste des paquets officiels classés par nom dans la liste Available CRAN.
Pour quitter R, vous pouvez taper + q () +. Sauf si vous souhaitez enregistrer l’image de l’espace de travail, vous pouvez appuyer sur + n + lorsque vous y êtes invité.
Conclusion
Si R est correctement installé sur votre serveur, ce guide pourrait vous intéresser à l’adresse https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-cloud-cloud [ installation du serveur RStudio] pour intégrer un IDE au déploiement sur serveur que vous venez de terminer. Vous pouvez également apprendre à configurer un Shiny server pour convertir votre R coder en pages Web interactives.
Pour plus d’informations sur la façon d’installer les packages R en utilisant différents outils, consultez install directement depuis GitHub, BitBucket ou d’autres lieux. Cela vous permettra de tirer parti des travaux les plus récents de la communauté active.