introduction
R est un langage de programmation open source spécialisé dans l’informatique statistique et les graphiques. Soutenu par la Fondation R pour l’informatique statistique, il est largement utilisé pour développer un logiciel de statistique et effectuer une analyse de données. Langage de plus en plus populaire et extensible avec une communauté active, R propose de nombreux packages générés par les utilisateurs pour des domaines d’études spécifiques, ce qui les rend applicables à de nombreux domaines.
Dans ce tutoriel, nous installerons R et montrerons comment ajouter des paquetages à partir du réseau d’archivage officiel CRrehrehR (CRAN).
Conditions préalables
Pour suivre ce tutoriel, vous aurez besoin d’un serveur Debian 9 avec:
-
au moins 1 Go de RAM
-
un utilisateur non root avec les privilèges
+ sudo +
Pour savoir comment réaliser cette configuration, suivez notre Debian 9 Guide de configuration du serveur.
Une fois que ces conditions préalables sont en place, vous êtes prêt à commencer.
Étape 1 - Installation des dépendances
Comme R est un projet en évolution rapide, la dernière version stable n’est pas toujours disponible dans les dépôts de Debian. Nous devrons donc ajouter le dépôt externe géré par CRAN. Pour ce faire, nous devrons installer des dépendances pour l’image cloud de Debian 9.
Pour effectuer des opérations réseau qui gèrent et téléchargent des certificats, nous devons installer + dirmngr + afin de pouvoir ajouter le référentiel externe.
sudo apt install dirmngr --install-recommendsPour ajouter une référence PPA à Debian, nous devons utiliser la commande + add-apt-repository +. Pour les installations où cette commande peut ne pas être disponible, vous pouvez ajouter cet utilitaire à votre système en installant + software-properties-common +:
sudo apt install software-properties-commonEnfin, pour assurer la prise en charge HTTPS des protocoles sécurisés, nous allons installer l’outil suivant:
sudo apt install apt-transport-httpsAvec ces dépendances en place, nous sommes prêts à installer R.
Étape 2 - Installation de R
Pour la version la plus récente de R, nous allons l’installer à partir des référentiels CRAN.
Ajoutons d’abord la clé GPG appropriée.
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'Lorsque nous exécutons la commande, nous recevons le résultat suivant:
OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1Une fois que nous avons la clé de confiance, nous pouvons ajouter le référentiel. Notez que si vous n’utilisez pas Debian 9 (Stretch), vous pouvez consulter les supported R Project Debian branches, nommées pour chaque version.
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'Maintenant, nous devrons exécuter + update + après cela pour inclure les manifestes de paquet du nouveau référentiel.
sudo apt updateParmi les résultats affichés, vous devez identifier des lignes similaires à celles-ci:
Output...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...Si les lignes ci-dessus apparaissent dans la sortie de la commande + update +, nous avons ajouté le référentiel. Nous pouvons être sûrs de ne pas installer accidentellement une version plus ancienne.
À ce stade, nous sommes prêts à installer R à l’aide de la commande suivante.
sudo apt install r-baseSi vous êtes invité à confirmer l’installation, appuyez sur + y + pour continuer.
Au moment de la rédaction de ce manuel, la dernière version stable de R de CRAN est la version 3.5.1, qui s’affiche lorsque vous démarrez R.
Étant donné que nous prévoyons d’installer un exemple de package pour chaque utilisateur du système, nous allons démarrer R en tant que root afin que les bibliothèques soient automatiquement accessibles à tous les utilisateurs. Sinon, si vous exécutez la commande + R + sans + sudo +, une bibliothèque personnelle peut être configurée pour votre utilisateur.
sudo -i ROutput
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>Cela confirme que nous avons correctement installé R et entré dans son shell interactif.
Étape 3 - Installation des packages R à partir de CRAN
Une des forces de R réside dans son abondance de packages complémentaires. À des fins de démonstration, nous installerons https://cran.r-project.org/web/packages/txtplot/index.html [+ txtplot +], une bibliothèque générant des graphes ASCII comprenant scatterplot, line plot, density graphique de terrain, acf et barres:
install.packages('txtplot')Lorsque l’installation est terminée, nous pouvons charger + txtplot +:
library('txtplot')S’il n’y a pas de message d’erreur, la bibliothèque a été chargée avec succès. Mettons cela maintenant en action avec un exemple qui illustre une fonction de traçage de base avec des étiquettes d’axe. Les exemples de données, fournis par le paquet + datasets + de R, contiennent la vitesse des voitures et la distance requise arrêter en se basant sur des données des années 1920:
txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')Output +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speedSi vous souhaitez en savoir plus sur + txtplot +, utilisez + help (txtplot) + depuis l’interpréteur R.
Tout paquet précompilé peut être installé à partir de CRAN avec + install.packages () +. Pour en savoir plus sur ce qui est disponible, vous pouvez trouver une liste des paquets officiels classés par nom dans la liste Available CRAN.
Pour quitter R, vous pouvez taper + q () +. Sauf si vous souhaitez enregistrer l’image de l’espace de travail, vous pouvez appuyer sur + n +.
Conclusion
Si R est correctement installé sur votre serveur, ce guide pourrait vous intéresser à l’adresse https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-cloud-cloud [ installation du serveur RStudio] pour intégrer un IDE au déploiement sur serveur que vous venez de terminer. Vous pouvez également apprendre à configurer un Shiny server pour convertir votre R coder en pages Web interactives.
Pour plus d’informations sur la façon d’installer les packages R en utilisant différents outils, consultez install directement depuis GitHub, BitBucket ou d’autres lieux. Cela vous permettra de tirer parti des travaux les plus récents de la communauté active.