Comment installer R sur Debian 10

introduction

Langage de programmation à code source ouvert, R est largement utilisé pour développer un logiciel statistique, effectuer l’analyse et la visualisation de données. R propose de nombreux packages générés par l’utilisateur pour des domaines d’étude spécifiques, ce qui le rend applicable à de nombreux domaines.

Dans ce tutoriel, nous installerons R et montrerons comment ajouter des paquetages à partir du réseau d’archivage officiel CRrehrehR (CRAN).

Conditions préalables

Pour suivre ce tutoriel, vous aurez besoin d’un serveur Debian 10 avec:

au moins 1 Go de RAM
un utilisateur non root avec les privilèges + sudo +

Pour savoir comment réaliser cette configuration, suivez notre Debian 10 guide de configuration du serveur.

Une fois que ces conditions préalables sont en place, vous êtes prêt à commencer.

Étape 1 - Installation des dépendances

Comme R est un projet en évolution rapide, la dernière version stable n’est pas toujours disponible dans les dépôts de Debian. Nous devrons donc ajouter le dépôt externe géré par CRAN. Pour ce faire, nous devrons installer des dépendances pour l’image cloud de Debian 10.

Pour effectuer des opérations réseau qui gèrent et téléchargent des certificats, nous devons installer + dirmngr + afin de pouvoir ajouter le référentiel externe.

sudo apt install dirmngr --install-recommends

Pour ajouter une référence PPA à Debian, nous devrons utiliser la commande + add-apt-repository +. Pour les installations où cette commande peut ne pas être disponible, vous pouvez ajouter cet utilitaire à votre système en installant + software-properties-common +:

sudo apt install software-properties-common

Enfin, pour assurer la prise en charge HTTPS des protocoles sécurisés, nous allons installer l’outil suivant:

sudo apt install apt-transport-https

Avec ces dépendances en place, nous sommes prêts à installer R.

Étape 2 - Installation de R

Pour la version la plus récente de R, nous allons l’installer à partir des référentiels CRAN.

Ajoutons d’abord la clé GPG appropriée.

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

Lorsque nous exécutons la commande, nous recevons le résultat suivant:

OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.y6W4E0Gtfp/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: 4 signatures not checked due to missing keys
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

Une fois que nous avons la clé de confiance, nous pouvons ajouter le référentiel. Notez que si vous n’utilisez pas Debian 10 (Buster), vous pouvez consulter les supported R Project Debian branches, nommées pour chaque version.

sudo add-apt-repository 'deb http://cloud.r-project.org/bin/linux/debian buster-cran35/'

Maintenant, nous devrons exécuter + update + après cela pour inclure les manifestes de paquet du nouveau référentiel.

sudo apt update

Une fois que cette opération est terminée et que vous êtes renvoyé à votre invite, nous sommes prêts à installer R avec la commande suivante.

sudo apt install r-base

Si vous êtes invité à confirmer l’installation, appuyez sur + y + pour continuer.

Au moment de la rédaction de ce manuel, la dernière version stable de R de CRAN est la version 3.5.2, qui s’affiche au démarrage de R.

Étant donné que nous prévoyons d’installer un exemple de package pour chaque utilisateur du système, nous allons démarrer R en tant que root afin que les bibliothèques soient automatiquement accessibles à tous les utilisateurs. Sinon, si vous exécutez la commande + R + sans + sudo +, une bibliothèque personnelle peut être configurée pour votre utilisateur.

sudo -i R

Output
R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

 Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Cela confirme que nous avons correctement installé R et entré dans son shell interactif.

Étape 3 - Installation des packages R à partir de CRAN

Une des forces de R réside dans son abondance de packages complémentaires. À des fins de démonstration, nous installerons https://cran.r-project.org/web/packages/txtplot/index.html [+ txtplot +], une bibliothèque générant des graphes ASCII comprenant scatterplot, line plot, density graphique de terrain, acf et barres:

install.packages('txtplot')

Lorsque l’installation est terminée, nous pouvons charger + txtplot +:

library('txtplot')

S’il n’y a pas de message d’erreur, la bibliothèque a été chargée avec succès. Mettons cela maintenant en action avec un exemple qui illustre une fonction de traçage de base avec des étiquettes d’axe. Les exemples de données, fournis par le paquet + datasets + de R, contiennent la vitesse des voitures et la distance requise arrêter en se basant sur des données des années 1920:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')

Output      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
 120 +                                                   *    +
     |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
  20 +           *    *  * *       *                          +
     |  *      *    *                                         |
   0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
          5          10           15          20          25
                               speed

Si vous souhaitez en savoir plus sur + txtplot +, utilisez + help (txtplot) + depuis l’interpréteur R.

Tout paquet précompilé peut être installé à partir de CRAN avec + install.packages () +. Pour en savoir plus sur ce qui est disponible, vous pouvez trouver une liste des paquets officiels classés par nom dans la liste Available CRAN.

Pour quitter R, vous pouvez taper + q () +. Sauf si vous souhaitez enregistrer l’image de l’espace de travail, vous pouvez appuyer sur + n +.

Conclusion

Si R est correctement installé sur votre serveur, ce guide pourrait vous intéresser à l’adresse https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu-cloud-cloud [ installation du serveur RStudio] pour intégrer un IDE au déploiement sur serveur que vous venez de terminer. Vous pouvez également apprendre à configurer un Shiny server pour convertir votre R coder en pages Web interactives.

Pour plus d’informations sur la façon d’installer les packages R en utilisant différents outils, consultez https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-install-r-packages-using-devtools-on- ubuntu-18-04 [installer directement depuis GitHub, BitBucket ou d’autres emplacements]. Cela vous permettra de tirer parti des travaux les plus récents de la communauté active.

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