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So richten Sie R unter Ubuntu ein 14.04

Einführung

R ist eine beliebte Open-Source-Programmiersprache, die sich auf statistische Berechnungen und Grafiken spezialisiert hat. Es wird häufig von Statistikern zur Entwicklung statistischer Software und zur Durchführung von Datenanalysen verwendet. Eine der Stärken von R besteht darin, dass es in hohem Maße und einfach erweiterbar ist, indem es Benutzern ermöglicht wird, eigene Pakete zu erstellen und einzureichen. Die R-Community ist dafür bekannt, dass sie sehr aktiv ist und kontinuierlich benutzergenerierte Statistikpakete für bestimmte Studienbereiche hinzufügt. Dies macht R für viele Studienbereiche anwendbar.

Das "Comprehensive R Archive Network" (CRAN) ist eine Sammlung von Sites (mirrors genannt), die identisches Material enthalten, das aus vielen R-Paketen und den R-Distributionen selbst besteht. Sie können R und viele R-Pakete von jedem der http://cran.r-project.org/mirrors.html[CRAN Mirrors herunterladen, aber wir werden das RStudio verwenden. Spiegel.

In diesem Handbuch erfahren Sie, wie Sie R auf einem DigitalOcean Droplet einrichten, auf dem Ubuntu 14.04 ausgeführt wird. Wenn auf Ihrem Droplet ein anderes Betriebssystem ausgeführt wird, gelten die meisten Anweisungen weiterhin, Sie müssen jedoch möglicherweise einige der Befehle ändern. Das Befolgen dieser Anleitung sollte ungefähr 10-15 Minuten dauern.

Voraussetzungen

Für dieses Tutorial benötigen Sie:

  • Ein Ubuntu 14.04 Droplet mit mindestens 1 GB RAM. Alle Befehle in diesem Lernprogramm sollten als Benutzer ohne Rootberechtigung ausgeführt werden. Wenn für den Befehl root-Zugriff erforderlich ist, wird vor + sudo + angezeigt. Initial Server Setup mit Ubuntu 14.04 erläutert, wie Benutzer hinzugefügt und ihnen sudo-Zugriff gewährt werden.

Schritt 1 - APT einrichten

Zur Installation von R verwenden wir das APT-Tool (Advanced Packaging Tool). Es wird eine spezielle Datei verwendet, in der die Quellen aufgeführt sind, von denen Pakete heruntergeladen werden sollen. Diese Datei lautet "+ / etc / apt / sources.list ". Um die neueste Version von R zu erhalten, müssen wir der Liste der Quellen das richtige _repository_ hinzufügen, indem wir der Quellendatei eine Zeile hinzufügen. Die genaue Zeile, die Sie hinzufügen müssen, hängt von der genauen Ubuntu-Version ab. Führen Sie unter Ubuntu 14.04 den folgenden Befehl aus, um das richtige Repository zu ` / etc / apt / sources.list +` hinzuzufügen.

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Wenn Sie eine andere Ubuntu-Version ausführen, lesen Sie this document, um das richtige Repository hinzuzufügen.

Um mit APT heruntergeladene Pakete zu authentifizieren, müssen wir einen öffentlichen Schlüssel hinzufügen. Die Ubuntu-Archive auf CRAN sind mit einem Schlüssel mit der ID E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 signiert. Fügen Sie diesen Schlüssel Ihrem System hinzu.

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Als nächstes müssen wir den Schlüssel zu "+ apt +" hinzufügen.

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

Schritt 2 - Installieren von R

Nachdem APT ordnungsgemäß eingerichtet wurde, können Sie R damit installieren.

Zuerst müssen wir die Liste der verfügbaren Pakete aktualisieren, da wir die Quellliste aktualisiert haben.

sudo apt-get update

Jetzt können wir R installieren. Wir verwenden das "+ -y +" - Flag, um automatisch mit "Ja" zu antworten, wenn wir gefragt werden, ob wir sicher sind, dass wir das Paket herunterladen möchten.

sudo apt-get -y install r-base

Zu diesem Zeitpunkt sollten Sie eine Installation der neuesten R-Version auf Ihrem Droplet haben. Sie können dies testen, indem Sie den Befehl + R + ausführen.

R

Sie sollten eine Ausgabe ähnlich der folgenden sehen.

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

 Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Sie befinden sich jetzt in der interaktiven R-Shell und können beliebige R-Befehle ausführen.

Beenden Sie R und kehren Sie mit der Funktion + q () + zu Ihrem Droplet zurück:

q(save = "no")

Schritt 3 - R-Pakete von CRAN installieren

Jetzt, da R auf Ihrem Droplet installiert ist, kann jeder Benutzer auf dem Droplet R verwenden. Wenn R installiert ist, werden automatisch eine Reihe von Standardpaketen installiert, aber um in R etwas wirklich Sinnvolles zu tun, müssen Sie wahrscheinlich zusätzliche Pakete installieren. Es ist wichtig, mindestens 1 GB RAM zur Verfügung zu haben, um viele Pakete zu installieren.

Wie bereits erwähnt, hostet CRAN nicht nur R selbst, sondern auch viele R-Pakete. Um neue R-Pakete zu installieren, die auf CRAN gehostet werden, oder um vorhandene zu aktualisieren, verwenden Sie die Funktion + install.packages () + in R. Wenn Sie das Paket installieren möchten, öffnen Sie R und führen den folgenden R-Befehl aus.

# This is an example, do not run this
install.packages("")

Jedes Paket, das von einem bestimmten Benutzer in R installiert wurde, ist jedoch standardmäßig nur für diesen Benutzer verfügbar. Wenn beispielsweise Benutzer * sammy * installiert wird, kann Benutzer * jessie * erst verwendet werden, wenn er es ebenfalls installiert hat.

Es ist möglich, ein R-Paket so zu installieren, dass es allen Benutzern im Droplet zur Verfügung steht, indem es als * root * installiert wird. Als Beispiel installieren wir das Paket http://shiny.rstudio.com/ [+ shiny +], ein sehr beliebtes Paket zum Erstellen von Webanwendungen aus R-Code. Eine Möglichkeit, das Paket als * root * zu installieren, besteht darin, sich als * root * anzumelden, R auszuführen und den Befehl + install.packages () + auszuführen. Es wird jedoch empfohlen, sich nicht als * root * anzumelden. Stattdessen können wir den R-Befehl einfach als * root * ausführen. Außerdem geben wir den Parameter "+ repos +" an, damit das Paket aus dem RStudio CRAN-Repository heruntergeladen wird, das auch beim Herunterladen von R selbst verwendet wurde.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Wenn Sie ein Paket auf diese Weise installieren, anstatt R zu öffnen und den Befehl + install.packages () + auszuführen, wird das Paket + shiny + allen Benutzern im Droplet zur Verfügung gestellt.

Vergewissern Sie sich, dass "+ shiny +" korrekt installiert wurde, indem Sie versuchen, es zu laden. Starten Sie eine R-Sitzung.

R

Laden Sie in R das Paket + shiny +.

library(shiny)

Das Ausführen des vorherigen Befehls sollte zu keinen Fehlern führen. Beende jetzt R.

q(save = "no")

Schritt 4 - Installation von + devtools + Package

Während viele R-Pakete auf CRAN gehostet werden und mit der integrierten Funktion + install.packages () + installiert werden können, gibt es viele weitere Pakete, die auf GitHub gehostet werden, dies jedoch sind nicht bei CRAN. Um R-Pakete von GitHub zu installieren, müssen wir das + devtools + R-Paket verwenden, also installieren wir es.

Das + devtools + R-Paket erfordert die Installation von drei Systempaketen auf dem Droplet, nämlich + libcurl4-gnutls-dev +, + libxml2-dev + und + libssl-devc +. Installieren Sie diese drei Pakete:

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Nun kann das Paket + devtools + R installiert werden. Denken Sie daran, dass wir es mit derselben Methode wie oben beschrieben installieren möchten, anstatt es in einer R-Sitzung zu installieren, da "+ devtools +" für alle Benutzer verfügbar sein sollte.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Der obige Befehl zum Installieren von + devtools + kann einige Minuten dauern.

Schritt 5 - Installieren von R-Paketen von GitHub

Nachdem wir "+ devtools " installiert haben, können wir jedes R-Paket, das sich auf GitHub befindet, mit der Funktion " install_github () " installieren. Genau wie bei CRAN-Paketen müssen Sie bei der Installation von GitHub-Paketen den Befehl von der System-Shell ausführen, um das Paket für alle Benutzer verfügbar zu machen. Versuchen wir, das GitHub-Paket https://github.com/daattali/shinyjs [` shinyjs `] zu installieren, mit dem das Paket ` shiny ` um Funktionen erweitert wird. Ein GitHub-Paket wird durch seinen Autor (` daattali `) und seinen Namen (` shinyjs +`) definiert.

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Vergewissern Sie sich, dass "+ shinyjs +" korrekt installiert wurde, indem Sie versuchen, es zu laden. Starten Sie eine R-Sitzung.

R

Laden Sie in R das Paket + shinyjs +.

library(shinyjs)

Das Ausführen des vorherigen Befehls kann zu einigen Meldungen führen, jedoch zu keinen Fehlermeldungen. Beende jetzt R.

q(save = "no")

Nächste Schritte

Sie haben jetzt eine funktionierende R-Installation auf Ihrem Droplet.

Um mehr über R zu erfahren, besuchen Sie the official R website, oder lernen Sie R zum Anfassen und interaktiv with the + swirl + Paket.

Weitere Informationen zu CRAN und seinen Angeboten finden Sie unter der offiziellen CRAN-Website.

Für eine bessere Erfahrung beim Schreiben von R-Code in Ihr Droplet möchten Sie möglicherweise einen RStudio-Server mithilfe von https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-rstudio-on-an-ubuntu- installieren. Cloud-Server [dieses Tutorial].

Wenn Sie einen Ihrer Shiny-Codes in Ihrem Droplet hosten möchten, können Sie einen Shiny-Server mithilfe von https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-shiny-server-on installieren -ubuntu-14-04 [dieses Tutorial].

Fazit

In diesem Handbuch haben wir die erforderlichen Schritte zum Einrichten von R auf einem Ubuntu 14.04-Droplet ausgeführt. Wir haben auch den Unterschied zwischen der Installation von R-Paketen von GitHub und CRAN kennengelernt und erfahren, wie sichergestellt werden kann, dass diese Pakete für alle Benutzer im Droplet verfügbar sind.

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